یک بررسی Scoping از ادبیات منتشر شده در مورد ویروس Chikungunya

Mariola Mascarenhas ، مفهوم سازی ، درمان داده ها ، تجزیه و تحلیل رسمی ، بررسی ، روش شناسی ، مدیریت پروژه ، نظارت ، اعتبار سنجی ، نوشتن - پیش نویس اصلی ، نوشتن - بررسی و ویرایش ، 1 ، * سوفیا گاراسیا ، درمان داده ها ، تجزیه و تحلیل رسمی ، مدیریت پروژه ، اعتبار سنجی ،1 Philippe Berthiaume ، مفهوم سازی ، درمان داده ها ، تجزیه و تحلیل رسمی ، بررسی ، روش شناسی ، نظارت ، اعتبار سنجی ، نوشتن - بررسی و ویرایش ، 2 Tricia Corrin ، Data Curation ، نوشتن - بررسی و ویرایش ، 1 جودی گریگ ، مفهوم سازی ، روش شناسی ، نوشتن - بررسیو ویرایش ، 1 ویکتوریا ng ، مفهوم سازی ، روش شناسی ، نوشتن - بررسی و ویرایش ، 1 Ian Young ، Data Curation ، Methodology ، نوشتن - بررسی و ویرایش ، 3 و Lisa Waddell ، مفهوم سازی ، روش شناسی ، نرم افزار ، نوشتن - بررسی و ویرایش 1

ماریولا ریمل

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

سوفیا گاراسیا

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

فیلیپ

2 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در سنت هیکینت ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، سنت هیاسینا ، کبک ، کانادا

سه گانه

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

جودی گریگ

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

ویکتوریا نگ

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

ایان یانگ

3 دانشکده بهداشت و بهداشت عمومی ، دانشگاه رایرسون ، تورنتو ، انتاریو ، کانادا

لیزا ودل

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

1 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در گلف ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، گلف ، انتاریو ، کانادا

2 آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی در سنت هیکینت ، آژانس بهداشت عمومی کانادا ، سنت هیاسینا ، کبک ، کانادا

این یک مقاله دسترسی آزاد است که تحت شرایط مجوز انتساب Creative Commons توزیع شده است ، که اجازه استفاده ، توزیع و تولید مثل بدون محدودیت را در هر رسانه ای می دهد ، مشروط بر اینکه نویسنده و منبع اصلی اعتبار داشته باشند.

داده های مرتبط

تمام داده‌های استخراج‌شده مربوطه در دست‌نوشته و فایل‌های اطلاعات پشتیبانی موجود است. مجموعه داده‌های خام ما در زمینه این مطالعه در Dryad بارگذاری شده است و در https://doi.org/10. 5061/dryad. qd65020 قابل دسترسی است.

خلاصه

ویروس چیکونگونیا (CHIKV) طی دو دهه گذشته باعث ایجاد چندین اپیدمی بزرگ در سطح جهان شده است و به سرعت در حال گسترش به مناطق جدید است. اگرچه این بیماری منتقله از پشه خود محدود شونده است و با مرگ و میر بالایی همراه نیست، اما می تواند منجر به آرتریت شدید، مزمن و ناتوان کننده شود و در نتیجه بار سنگینی را برای سیستم های مراقبت های بهداشتی ایجاد کند. دو ناقل اصلی برای CHIKV Aedes aegypti و Aedes albopictus (پشه ببر آسیایی) هستند. با این حال، بسیاری از گونه‌های پشه دیگر به عنوان ناقلان CHIKV مناسب در ادبیات علمی توصیف شده‌اند. با تغییرات آب و هوایی، جهانی شدن و برنامه ریزی شهری بی بند و باری که بر بسیاری از مناطق تأثیر می گذارد، CHIKV خطر سلامت عمومی قابل توجهی را برای بسیاری از کشورها به همراه دارد. یک بررسی محدوده‌ای برای جمع‌آوری و طبقه‌بندی تمام اطلاعات مرتبط به‌دست‌آمده از ادبیات علمی منتشر شده در مورد جنبه‌های تعریف‌شده قبلی CHIKV و بردارهای شایسته آن انجام شد. پس از توسعه یک الگوریتم جستجوی حساس و خاص برای سوال تحقیق، هفت پایگاه داده جستجو و داده‌ها از 1920 مقاله مرتبط استخراج شد. نتایج نشان می‌دهد که تحقیقات CHIKV عمدتاً در مناطقی پس از وقوع همه‌گیری‌های بزرگ گزارش شده است. از سال 2011 در نشریات CHIKV افزایش یافته است، به ویژه پس از اولین گزارش ها از ظهور CHIKV در قاره آمریکا. فهرستی از میزبان ها و بردارهایی که به طور بالقوه می توانند در چرخه های انتقال سیلواتیک و شهری CHIKV دخیل باشند در این بررسی محدوده گردآوری شده است. علاوه بر این، یک مخزن از جهش‌های CHIKV مرتبط با تناسب و سازگاری تکاملی با گردآوری و توصیف این گونه‌های ژنتیکی همانطور که در ادبیات علمی گزارش شده است، ایجاد شده است.

معرفی

بیماری Chikungunya در اثر ویروس Chikungunya (Chikv) ، یک alphavirus ناشی از پشه متعلق به خانواده Togaviridae ایجاد می شود. این ویروس برای اولین بار در اثر شیوع بیماری مانند دنگو که بین سالهای 1952 تا 1953 در آن منطقه در حال گردش بود ، از بیمار در تانزانیا جدا شد. توضیحات مکرر این بیماری در سالهای اولیه در سایر مناطق آفریقا از جمله موزامبیک گزارش شده است.[1]این ویروس نام خود را از یک کلمه در گویش محلی منطقه Makonde در تانزانیا گرفت و به معنای واقعی کلمه به عنوان "خم شدن در درد" ترجمه شده است [2] ، و توصیف وضعیت غرق شده بسیاری از بیماران مبتلا به Chikungunya به دلیل دردهای مفاصل شدید و آرترالژی ،هر دو ویژگی بارز این بیماری. نسبت به عفونت های CHIKV بدون علامت در طول اپیدمی گزارش شده است که بین 3 تا 28 ٪ است [3-5]. همراه با درد شدید مفاصل ، بیماران به طور معمول اگزانتما تب را با الگوی تب زین بازپرداخت نشان می دهند ، علائمی که با ویروس دنگی (DENV) و ویروس Zika (ZIKV) دیده می شود [6]. این امر تشخیص CHIKV را دشوار می کند ، به ویژه که گزارش های زیادی در مورد گردش CHIKV ، DENV و ZIKV در بسیاری از مناطق مبتلا به بیماران آلوده وجود دارد [7-14].

CHIKV یک ویروس RNA رشته ای پاکت شده و مثبت با ژنوم است که معمولاً کمی کمتر از 12000 نوکلئوتید است. ژنوم آن از پنج پروتئین ساختاری تشکیل شده است. E1 ، E2 ، E3 ، C (پروتئین کپسید) ، 6K و چهار پروتئین غیر ساختاری. پروتئین های غیر ساختاری 1 (NSP1) ، 2 (NSP2) ، 3 (NSP3) و 4 (NSP4) [15–16]. مطالعات تکاملی در مورد ویروس شواهدی را ارائه می دهد که نشان می دهد که سلسله Chikv آفریقای غربی در آفریقا سرچشمه گرفته و متعاقباً به آسیا منتقل می شود و در آنجا به یک سلسله مجزا آسیایی تبدیل می شود. ایزوله Chikv از اپیدمی در جزیره Reunion در سال 2005 نشان داد که ویروس در خاندان شرقی/مرکزی/جنوبی آفریقای جنوبی (ECSA) با سویه های جدید اقیانوس هند که یک زیرگروه اقیانوس هند در ECSA تشکیل شده است ، تکامل یافته است. اپیدمی بزرگ Chikungunya در برزیل که از اواخر سال 2013 آغاز شد ، نتیجه دو معرفی جداگانه از دو سلسله chikv جداگانه است. آسیایی و ECSA [21-23].

CHIKV در یک چرخه سیلواتیک شامل پرایمورهای وحشی و پشه های آربئال در آفریقا و یک پشه به (و از) چرخه شهری انسانی در کشورهایی با اپیدمی انسانی حفظ می شود [24]. چرخه شهری CHIKV مسئولیت چندین اپیدمی بزرگ Chikv در کشورهایی را که در بسیاری از قاره ها قرار دارند ، بر عهده داشته است. در طول اپیدمی 2005-2006 در جزایر اقیانوس هند و هند ، بیش از یک سوم از جمعیت در جزیره Reunion به ChiKV (34. 3 ٪) آلوده شدند که منجر به موارد بالینی شدید شد ، در حالیبه ترتیب در موریس و هند گزارش شده است [25-26]. چندین سال پس از اپیدمی جزایر اقیانوس هند در سراسر آسیا وجود داشته است [27-29]. در اواخر سال 2013 ، CHIKV برای اولین بار در کارائیب ظاهر شد و باعث بیماری همه گیر در سنت مارتین شد و به دنبال آن گسترش آن به جزایر دیگر در نزدیکی [30-33]. در همین زمان ، Chikv همچنین در آمریکای جنوبی و مرکزی گسترش یافت و باعث بیماری همه گیر عمده در سراسر منطقه شد که بردارهای صالح از قبل تأسیس شده بودند.

دو بردار ذیصلاح اصلی Chikv به عنوان Aedes Ae Egypti و Aedes albopictus در نظر گرفته می شوند ، اگرچه این ویروس از سایر پشه ها جدا شده است [34-36]. aeپشه های Ae Egypti در مناطق گرمسیری و خشک رونق می گیرند اما نمی توانند در برابر دمای خنک مقاومت کنند. این پشه ها مسئول تمام اپیدمی های ضبط شده ChiKV بودند تا اینکه در سال 2005-2006 اپیدمی جزایر اقیانوس هند در سال 2005-2006 هنگامی که یک جهش نقطه ای در غشای بیرونی گلیکوپروتئین E1 Chikv رخ داد ، باعث تغییر اسید آمینه با یک آلانین به تعویض والین در موقعیت 226 [37]. این نوع AE را ارائه داد. albopictus تمایل به ظهور به عنوان یک وکتور Chikv بسیار شایسته با قابلیت انتقال پیشرفته [37-38]. aeپشه های albopictus بسیار تهاجمی هستند و جمعیت را با موفقیت در آب و هوای معتدل مستقر کرده اند [39-41]. با تغییر آب و هوا ، این نگرانی شدید وجود دارد که این بردارها به مناطق جدید گسترش یابد.

یک بررسی Scoping (SCR) در مورد Chikv و بردارهای صالح آن برای شناسایی ، توصیف ، طبقه بندی و روشن شدن شواهد جهانی از تحقیقات منتشر شده در مورد این موضوع انجام شد. محصول این SCR گزارشی جامع از شواهد و شکافهای دانش است که در مورد این مسئله مهم بهداشت عمومی در حال ظهور وجود دارد. یک SCR از روش سنتز دانش قابل تکرار ، سیستماتیک و دقیق برای شناسایی و خلاصه کردن میزان و دامنه دانش در یک موضوع یا موضوع خاص استفاده می کند [42-44]. نتایج حاصل از این SCR می تواند به سیاست گذاران و همچنین جامعه علمی اطلاع دهد و تصمیم گیری در مورد کاهش بردارهای صالح Chikungunya و/یا Chikv را تسهیل کند.

مواد و روش ها

پروتکل SCR برای اطمینان از شفافیت ، تکرارپذیری و سازگاری در تمام مراحل بررسی ما پیشینی ایجاد شده است. پروتکل S1. ما از چارچوب کلی بیان شده توسط Arksey و O'Malley [42] پیروی کردیم که شامل: 1) ایجاد یک سؤال تحقیق ، 2) انجام یک جستجوی سختگیرانه ادبیات ، 3) غربالگری مرتبط با مقالات ضبط شده ، 4) توصیف کلیه مقالات مربوطه ، و 5) جمع آوری و خلاصه نتایج حاصل از داده های استخراج شده. این SCR با استفاده از شیوه های تحقیق خوب سنتز ، که شامل یک استراتژی جستجوی کامل بود ، قابل تکرار و اجرا شد. ابزارهای غربالگری و توصیف داده ها به صورت پیشینی تهیه شده و به طور یکنواخت در کلیه استنادها و مقالات موجود در این بررسی توسط دو داور مستقل اجرا شده است [42-44]. گزارش این SCR با موارد گزارشگر مورد نظر برای بررسی های سیستماتیک و دستورالعمل های متاآنالیز (PRISMA) مطابقت دارد [45].

مشاوره متخصص

قبل از نهایی کردن سؤال تحقیق ، ما از یک تیم مشاوره متخصص از کانادا و آمریکای جنوبی متشکل از چهار دانشمند دولتی و دو دانشمند دانشگاهی با تخصص در مورد این موضوع درخواست کردیم. کارشناسان موضوع ما موافقت کردند که با پاسخ دادن به یک پرسشنامه به صورت کتبی ، دامنه این مطالعه را به ما کمک کنند. پرسشنامه متخصص S1. همه به جز یک متخصص نیز در یک تماس تلفنی با هدف بحث در مورد موضوعات کلیدی و نیازهای اطلاعاتی که برای متخصصان بهداشت عمومی برای ارزیابی و رسیدگی به این مسئله نوظهور مورد بحث قرار گرفت ، شرکت کردند. هر زمان که به شفاف سازی نیاز باشد ، بحث های بعدی با کارشناسان برگزار می شد. پروتکل نهایی قبل از شروع بررسی ما با کارشناسان موضوع ما به اشتراک گذاشته شد.

سوال پژوهشی

این بررسی دو سوال اصلی تحقیق داشت:

"وضعیت فعلی دانش تحقیق در مورد ویروس Chikungunya (Chikv) ، از جمله پاتوژنز آن ، ویژگی های عفونت بالینی و تشخیص ، نظارت و اپیدمیولوژی ، بار اقتصادی ، استراتژی های پیشگیری و کنترل ، عوامل خطر برای ایجاد عفونت Chikv ، نگرش های اجتماعی و ادراکات چیست. با توجه به عفونت CHIKV ، در انسان و سایر میزبان مهره داران. "

وته

"چه بردارهایی برای انتقال CHIKV صالح هستند ، چه پارامترهایی برای انتقال مؤثر CHIKV و صلاحیت وکتور چیست ، چه عوامل خطر اکولوژیکی در فراوانی بردار صالح CHIKV نقش دارد و چه استراتژی های کاهش بردار می تواند از بردارهای Chikv جلوگیری و کنترل کند؟"

استراتژی جستجو

یک الگوریتم جستجوی جامع و دقیق برای ضبط ادبیات مربوطه تهیه و پیش بینی شد. الگوریتم جستجوی نهایی شامل دو بخش است ، یکی شامل تحقیقات Chikungunya و دیگری برای گرفتن تحقیقات اضافی در مورد بردارهای Chikv:

(Chikungunya یا Chik یا Chikv)

(Alphavirus و Mosquito* و کنترل)

این جستجو در تاریخ 27 مه 2015 انجام شد و در تاریخ 6 ژانویه 2017 در پایگاه داده های زیر به روز شد: Scopus ، PubMed ، شاخص تجمعی به ادبیات پرستاری و ادبیات بهداشت متفقین (CINAHL) ، مرکز کشاورزی و بین المللی زیست شناسی (CABI) ، ادبیات Lateratura Latina AmericanaaEm Ciências da Saúde (Lilacs) ، Agricola و Cochrane کتابخانه. این به روزرسانی به دلیل ظهور اخیر Chikungunya در آن مناطق شامل مطالعات جدیدتر از آمریکای مرکزی و جنوبی انجام شده است. برای تأیید اینکه الگوریتم جستجوی ما دارای حساسیت بهینه برای ضبط کلیه مقالات مربوط به سؤال تحقیق ما است ، ما لیست های مرجع را از 10 بررسی روایت مربوطه برای استناد به دست رفته جستجو کردیم [46-55]. جستجوی ادبیات خاکستری در اکتبر 2015 انجام شد و شامل جستجوی دست هدفمند و مکرر 22 وب سایت سازمان دولت و/یا سازمان تحقیقاتی است که در طول مشاوره متخصص پیشنهاد شده و در پروتکل S1 ذکر شده است. بیست و دو استناد اضافی از جستجوی ادبیات خاکستری به بررسی اضافه شد.

معیارهای شمول/محرومیت

مقالات موجود در این SCR داده های اولیه را گزارش کرده اند که توسط نویسندگان یا از طریق سازمان های قابل اعتماد دولت و/یا تحقیقاتی تولید شده است. مقالات شامل باید مربوط به یک یا چند جنبه از سؤال بررسی باشد: یعنی اطلاعات مربوط به بیماری Chikv و Chikungunya ، پارامترهای صلاحیت بردارهای Chikv یا کنترل بردارهای Chikv. مقالاتی به زبان های غیر از انگلیسی ، فرانسوی ، اسپانیایی یا پرتغالی به دلیل منابع محدود ترجمه حذف شدند. اسناد بدون داده های اولیه ، مانند مجموعه مقالات کل کنفرانس ، کتاب ها ، بررسی ادبیات ، بررسی های سیستماتیک ، متاآنالیزها و برخی از ادبیات خاکستری نیز از این بررسی خارج شدند.

غربالگری ارتباط و توصیف داده ها

غربالگری ارتباط در دو مرحله انجام شد. اولین ابزار غربالگری شامل دو سؤال برای تعیین اینکه آیا استناد به طور بالقوه می تواند مربوط به بررسی بر اساس عنوان و چکیده باشد. ما با درج استنادها در هر زمان که ارتباط آنها نامشخص باشد ، در طرف فراگیر بودن اشتباه کردیم. مقالات کامل از استنادها که در مرحله اول غربالگری ارتباط برقرار شده اند ، تهیه و به سطح دوم غربالگری مرتبط اختصاص داده شدند. هدف از این مرحله حذف مقالات پس از ارزیابی کامل متن بود ، به طوری که فقط مقالات مربوطه در هماهنگی کامل با سؤال تحقیق برای توصیف بیشتر باقی مانده است. در سطح دوم غربالگری ارتباط ، مقالات پس از ارزیابی کامل متن در صورت عدم گزارش در مورد: 1) تأثیر CHIKV بر انسان ، میزبان یا بردارها ، 2) مطالعات ChiKV از جمله فیلوژنی و خصوصیات مولکولی تعیین کننده های ژنتیکی برای تناسب اندام و تناسب اندام و تناسب اندام از مطالعه حذف شدند. سایر نشانگرهای تکاملی ، پاتوژنز CHIKV و مکانیسم های عفونت ، 3) استراتژی های کاهش برای جلوگیری و کنترل عفونت های CHIKV از جمله استراتژی های پیشگیری و کنترل بردار Chikv ، 4) جنبه های بالینی عفونت Chikv و عوامل خطر در چنین عفونت ها و 5) پارامترهای صلاحیت بردار- از نظر رفتاری و فیزیولوژیکی و همچنین عوامل محیطی مرتبط با انتقال Chikv ، 6) بار اقتصادی بیماری چیکونگونیا یا 7) مطالعات مدل سازی در مورد بردارهای Chikungunya یا Chikv. مقالاتی که معیارهای ورود به زبان و داده های اولیه را برآورده نمی کنند نیز در این مرحله از مطالعه حذف شدند. برای مقالاتی که معیارهای ورود به مطالعه را رعایت می کنند ، در این سطح به سؤالات پاسخ داده شد تا به طور گسترده مقالات را بر اساس دوره انتشار ، مکان مطالعه ، جمعیت مورد مطالعه (طبقه بندی شده به عنوان میزبان انسان و غیر انسانی ، بردارها و/یا ویروس) و تمرکز تحقیق طبقه بندی کنند. این مرحله در فرآیند SCR به ما امکان می دهد تا مقدار و وسعت تحقیقات را در مناطق مختلف تمرکز سنجیده و اطمینان حاصل کنیم که ابزار توصیف و ابزار (DCU) داده های مربوطه را از همه مطالعات به اندازه کافی ضبط می کند.

مرحله سوم SCR توصیف داده های کلیه مقالات مربوطه با استفاده از ابزار DCU بود. پروتکل S1. سؤالات شامل اطلاعات کلی در مورد زمان و کجا تحقیق ، جمعیت مورد مطالعه و ژنوتیپ ChiKV بود. منطقه (های) تمرکز تحقیق در این مرحله انتخاب شد و داوران می توانند به مجموعه ای منحصر به فرد از سؤالات متناسب با هر منطقه فوکوس دسترسی پیدا کنند ، که به توصیف کارآمد تحقیق کمک می کند. در مطالعات آزمایشگاهی بررسی پاتوژنز و/یا مکانیسم های ایمنی در ارتباط با عفونت ChiKV در میزبان و بردارها در مرحله دوم غربالگری مشخص شد. با این حال ، با توجه به تعداد زیادی از مقالات در مورد این منطقه تمرکز واحد ، این مطالعات در مرحله سوم SCR به تفصیل مشخص نشده است زیرا این امر از نظر لجستیکی برای تکمیل در یک بازه زمانی معقول غیر ممکن بود.

مدیریت بررسی

All citations captured using the search algorithm were imported from the bibliographic databases to RefWorks (ProQuest, LLC), an online citation management program. The citation database was de-duplicated so that only unique citations remained. The citations were then imported into an online systematic review software, Distiller SR (Evidence Partners, Ottawa, Canada), which is specifically designed to manage all aspects of scoping reviews. All stages of the ScR were conducted by two reviewers working independently using the a priori developed data collection tools within Distiller SR. All forms were pre-tested by all reviewers to confirm reproducibility, clarity and consistency between reviewers on each form. Reviewers pre-tested the Relevance Screening Level 1 (RS1) form with 36 citations, the Relevance Screening Level 2 (RS2) form was pre-tested with ten articles and the Data Extraction and Utility (DCU) form was pre-tested on ten articles representing all the main focus areas of the review question, (kappa >0. 8) ؛پروتکل S1. پس از قبل از آزمایش ، هرگونه تنظیم لازم برای بهبود وضوح و سازگاری بین داوران انجام شد. هرگونه اختلاف در داده های استخراج شده بین داوران با اجماع یا با کمک یک داوری سوم برطرف شد. مجموعه داده تکمیل شده برای تمیز کردن داده ها ، طبقه بندی ، تجزیه و تحلیل توصیفی و نمودار به مایکروسافت اکسل صادر شد.

نتایج

از 6815 استناد منحصر به فرد ضبط شده توسط جستجو ، 3422 مقاله بالقوه مرتبط تهیه و 2326 تحقیق اولیه مربوط به سوال تحقیق در نظر گرفته شدند (شکل 1). چهار درصد (148/3422) از مقالات بالقوه مرتبط از این بررسی بر اساس زبان حذف شدند: 57 چینی ، 23 آلمانی ، 20 روسی ، 14 ژاپنی ، 9 ایتالیایی ، 6 هلندی ، 4 کرواتی ، 3 دانمارکی ، 3 نروژی ، 2چک ، 1 رومانیایی ، 1 لهستانی ، 1 ترکی ، 1 مالایی ، 1 کره ای ، 1 تایلندی و 1 آلبانی. ما با وجود تماس با نویسندگان نتوانستیم 15 مقاله تهیه کنیم. علاوه بر این ، 74 نقل قول از این امر حذف شده اند که یا مکاتبات یا چکیده ای بودند که به مقالاتی مراجعه می کردند که ما قادر به تهیه یا بررسی آن نبودیم.