گروه شام

گروه شام به دنبال ایجاد درک نظری از چگونگی ایجاد رفتار بیولوژیکی پیچیده از تعامل مولکولی است. از آنجا که خصوصیات تعیین کننده سیستم های زندگی (رشد ، حرکت و پاسخ به محرکهای محیطی) به مصرف انرژی برگشت ناپذیر و اتلاف ، متکی است ، بخش عمده ای از مراکز تحقیقاتی ما در فرآیندهای تصادفی به دور از تعادل. ما به طور کمی داده های تجربی در سیستم های زندگی را تجزیه و تحلیل می کنیم ، برای تفسیر آمار مشاهده شده ، مدل های فیزیکی را می سازیم و الگوریتم ها را برای شبیه سازی کارآمد پویایی چنین مدلهایی اجرا می کنیم.

علایق پژوهشی

تسریع در شبیه سازی های مولکولی

ما در حال توسعه ، توصیف ریاضی و استفاده از الگوریتم ها برای تقویت نمونه گیری از وقایع نادر و بازیابی آمار آنها هستیم.

مدل سازی سیستم های زندگی

ما در حال ساخت مدل هایی برای تفسیر دینامیک مشاهده شده در سلول ها و بررسی رفتار این مدل ها از نظر تحلیلی و عددی هستیم.

تجزیه و تحلیل داده های بیولوژیکی

ما در حال توسعه و استفاده از رویکردهای کمی برای تفسیر داده ها در همکاری نزدیک با آزمایش کنندگان هستیم.

مردم

شام هارون

من استاد شیمی و معاون معاون بخش علوم فیزیکی در دانشگاه شیکاگو هستم. من همچنین در موسسه جیمز فرانک و انستیتوی دینامیک بیوفیزیکی قرار ملاقات ها را برگزار می کنم. مشهورترین مشارکتهای گروه من به روشهای یادگیری ماشین برای تفسیر شبیه سازی های پیچیده زیست مولکولی ، روش های نمونه برداری برای سیستم های دور از تعادل و مدل های انتخاب سرنوشت سلول خونساز است. بخش عمده ای از کارهای فعلی من همکاری است و بسیاری از دانش آموزان من و دانشمندان دکترا به طور مشترک توسط آزمایشگران و/یا ریاضیدانان کاربردی راهنمایی می شوند. افتخارات من شامل یک بورس تحصیلی Searle ، جایزه شغلی NSF ، Sloan Fellowship ، APS Fellowship و مشارکت در مباحث Latke-Hamantash 2010 و 2014 است.

قبل از پیوستن به دانشکده شیکاگو، مدرک کارشناسی (AB در علوم بیوشیمی، 1994) و فارغ التحصیل (دکترای بیوفیزیک، 1999) را در دانشگاه هاروارد گرفتم، جایی که با مارتین کارپلاس روی روش های مونت کارلو و کاربرد آنها در تا کردن پروتئین کار کردم.. متعاقباً، در دانشگاه آکسفورد (1999-2001)، در دانشگاه آکسفورد (1999-2001)، که در آن از روش های ترکیبی مکانیکی کوانتومی / مکانیکی مولکولی (QM/MM) برای روشن کردن مکانیسم های ترمیم DNA استفاده کردم، و دانشگاه کالیفرنیا، برکلی (2001) مطالعات فوق دکترا را دنبال کردم.-2003)، جایی که من با دیوید چندلر روی نمونه برداری از مسیر انتقال و آروپ چاکرابورتی روی مدل های سیگنال دهی لنفوسیت T کار کردم.

استاد |از سال 2003

کریس چی

من در حال مطالعه خواص سیستم نوسان ساز KaiABC با برازش مدل های شبکه واکنش به داده های تجربی هستم.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2019

کارلوس فلوید

من از تئوری و شبیه سازی برای درک ویژگی های بارز سیستم های بیولوژیکی فعال، از جمله انقباض و حافظه مکانیکی استفاده می کنم.

فوق دکتری |از سال 2021

نوح گمبل

من از روش های ژنومیک، مدل سازی پدیدارشناسی و بیوشیمیایی برای بررسی بیان ژن و پیامدهای آن برای انعطاف پذیری سلولی در سیستم ایمنی استفاده می کنم.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2020

اسپنسر گو

من در حال مطالعه فعال سازی وابسته به ولتاژ فسفاتاز حساس به ولتاژ و تفکیک دایمر انسولین با روش هایی برای تخمین سینتیک و روشن کردن مکانیسم ها از داده های مسیر کوتاه هستم.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2021

کوانگون جونگ

من در حال مطالعه تفکیک دایمر انسولین با ترکیب رویکرد کالیبر حداکثر با نظریه مسیر گذار و مدل سازی حالت مارکوف برای تجزیه و تحلیل داده های شبیه سازی دینامیک مولکولی هستم.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2022

چتیپات لورپیبون

من از یادگیری ماشین و نظریه مسیر انتقال برای توسعه روش های مبتنی بر داده برای تجزیه و تحلیل دینامیک تصادفی استفاده می کنم. به طور خاص، من بر چگونگی محاسبه تاریخ در چنین رویکردهایی تمرکز می کنم.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2018

یوکینگ کیو

من ابزارهای ترمودینامیک تصادفی، شبیه سازی و یادگیری ماشین را برای درک عواملی که نحوه دسترسی شبکه های اکتومیوزین به حالت های اضطراری دور از تعادل را کنترل می کنند، ترکیب می کنم.

فوق دکتری |از سال 2019

استیون ردفورد

من آزمایش ها، شبیه سازی ها و تجزیه و تحلیل تصویر را برای مطالعه مواد متشکل از اجزای اسکلت سلولی ترکیب می کنم. من به ویژه به مواردی علاقه مند هستم که در آن این مواد توسط موتورهای مولکولی از حالت تعادل خارج می شوند.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2018

جان استرهان

تحقیقات من بر توسعه و اعتبارسنجی روشهای یادگیری ماشین برای برآورد آمار پیش بینی از داده های مسیر متمرکز است.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2018

یهانگ وانگ

تحقیقات من بر مطالعه برآورد پارامتر برای مدلهای شبکه واکنش با استفاده از یادگیری ماشین و روشهای نمونه برداری پیشرفته متمرکز است.

محقق دکترا |از سال 2022

الیزابت وایت

من در حال ترکیب آزمایش ها ، شبیه سازی ها و تجزیه و تحلیل تصویر برای مطالعه پویایی اسکلتی اسکلتی در جنین C. elegans به منظور روشن کردن مکانیسم های انقباض است که در مراحل مختلف توسعه عملیاتی هستند.

دانشجوی کارشناسی ارشد |از سال 2018

انتشارات اخیر

انتشارات اخیر منتخب در زیر برجسته شده است. برای یک لیست کامل ، به PubMed یا Google Scholar مراجعه کنید.

پیش بینی های در مقیاس طولانی از داده های مربوط به مسیر کوتاه: تجزیه و تحلیل معیار Miniprotein TRP-Cage Miniprotein John Strahan ، Adam Antoszewski ، Chatipat Lorpaiboon ، Bodhi P. Vani ، Jonathan Weare و Aaron R Dial Joual of نظریه شیمیایی و محاسبات 17 ، محاسبات 17 ،لینک 2948-2963 (2021)

یک عدم تعادل قوی برای مرتب سازی از پیوند دهنده های متقاطع در حال رشد بیوپلیمرهای Yuqing Qiu ، مایکل نگوین ، گلن م. هاکی ، شام آرون R و Suriyanarayanan Vaikuntanathan PNAS 118 ، E2102881118 (2021) Link

مدل سازی بیزی نشان دهنده حساسیت وابسته به متابولیت در ساعت شبانه روزی سیانوباکتریایی لو هونگ ، دانیلو ای لاورنتوویچ ، آرچانا چاوان ، یوجین لایپونسکی ، آیلین لی ، چارلز متیوس ، اندی لیوانگ ، مایکل جی زنگ ، و آرون آرن آر آرون آریم مولکول سیستم های مولکولی شاننی است.) ارتباط دادن

جدا شده انسولین توسط مکانیسم های متنوعی از آدامتوسوزسکی آشکار و بی پروا ، چی-جوی فنگ ، Bodhi P Vani ، Erik H Thiede ، Lu Hong ، Jonathan Weare ، Andrei Tokmakoff و Aaron R Dial Joual of Dier of Chemistry Chemistry Bhyse Chemistry B 24 ، 55571−5587 (2020) پیوند

مخاطب

دفتر آرون: GCIS E139E ، خیابان 929 E 57th ، شیکاگو ، IL 60637 |تلفن: 773-702-2330 |نمابر: 773-702-4180 |پست الکترونیکی: شام_ at_uchicago. edu